その理由は・・・・
何かの拍子で、Xcodeが消えてしまったからでした。
YosemiteからEl Capitanにアップグレードすると、
Xcodeがアンインストールされるようです。
El Capitanにアップグレード後、改めて Xcodeをインストールすれば、
homebrewやhomebrew caskのinstallやupdateができるようになりました。
今回のアップグレードで
/sbinディレクトリに書込みできなるような変更もあったようですが。
うちの環境では、homebrew, homebrew caskで特に問題は出ませんでした。
osx純正のsambaではなく、homebrewのsambaを動かしていたのも、
アップグレード後も問題なく動いていて、Androidからも接続できましたし。
これからちょっとずつ、El Capitanを見てみますが。
マウスを左右にブルブルうごかすと、ちょっとおもしろかったです。